Наукова робота університету проводиться в рамках кафедральних, держбюджетних та госпдоговірних тем, відповідно, фундаментального та прикладного спрямування.
Популяризація наукових здобутків університету здійснюється через наукові праці викладачів, науковців, аспірантів і студентів. Свій науковий доробок науковці університету представляють у міжнародних та вітчизняних журналах, монографіях, підручниках.
Одне із ключових завдань колективів науковців Чернівецького національного університету імені Юрія Федьковича – пропозиція своїх розробок для практичного використання в різних галузях народного господарства. Реалізацію цього завдання університет убачає через патентування перспективних розробок і пропозиції їх представникам промислового сектору. На замовлення підприємств міста Чернівці та регіону науковцями університету виконується ряд договірних робіт, що дає можливість посилення співпраці між представниками бізнесу, освіти та науки з метою активізації розвитку інноваційної діяльності в університеті та регіоні.