Природничий музей Чернівецького національного університету імені Юрія Федьковича створений 03.09.2012 р. згідно наказу ректора від 30.08.2012р. № 117 на базі зоологічного та геолого-географічного музеїв – одних із найстаріших вузівських музеїв в Україні, оскільки зоологічні та геолого-палеонтологічні колекції почали збиратися з 1876 р. (через рік після заснування Чернівецького університету).

Колекції зоологічного відділу музею мають виняткове наукове, історичне, культурне значення і постановою Кабінету Міністрів України № 1241 від 22.09.2004 року віднесені до наукових об’єктів, що становлять національне надбання. До унікальних експонатів належить 18855 екз. тварин, серед яких більшість мають історичну цінність (зібрані з 1872року ), а деякі представляють види, що мають охоронний статус, тобто занесені до Червоних книг (МСОП, України, регіональних), Європейського Червоного списку. Наприклад, кістяк 27-метрового синього кита, новозеландська гаттерія, шоломоносний казуар, скелет африканського страуса, тропічні метелики ( з Африки, Австралії, Півд. Америки, Півд.-Схід. Азії, Зондських островів, Малайського Архіпелагу), зібрані в еспедиціях кінця 19 - початку 20 ст., зубр, сірий варан, сліпак буковинський, ескулапова змія, протоптерус тощо. Особливість фондових колекцій зоологічного відділу полягає в тому, що більша частина зборів має регіональний характер і по окремих систематичних групах (наприклад, декотрих рядах класу Комахи, більшості класів підтипу Хребетних, особливо класи Птахи, Земноводні ) досить повно представляють видовий склад фауни Буковини і деяких прилеглих територій. Крім наукової, багато колекцій представляють собою й неабияку історичну та культурну цінність. Деякі експонати датовані 1872-1937рр. і є частинами іменних колекцій вчених Австро-Угорського та Румунського періодів історії Буковини (Constantin Hormuzaki, Karl Zelinka, Eugen Botezat, Orest Marcu, Peneke).

Колекції мінералів та петрографічних зразків зібрані з регіонів всієї земної кулі, а деякі позаземного походження, є багато унікальних зразків та самородків. За кількістю одиниць зберігання геологічні та палеонтологічні колекції займають одне із перших місць в Україні, аналогічні є тільки в Харкові, Одесі, Криму, а за якісним складом колекційних фондів немає аналогів у державі, а на території Північної Буковини – єдині. У світі – аналогом нашого геолого-географічного відділу є музей в м. Вроцлав (Польща), м. Відень (Австрія), м. Клуж-Напока (Румунія).Заслуговує на увагу класифікація мінералів за фізико-хімічними властивостями та морфологією кристалів, де кожний мінеральний вид представлений декількома різновидами в різних парагенетичних асоціаціях. Унікальними експонатами є зразки заліза із родовищ Північної Америки (Техас, Нью-Мексико) і Гренландії, срібла із Саксонії (Андресберг), вісмутистого золота із Румунії (Трансільванія), міді самородної – район озера Верхнього (штат Мічиган), із Англії та Німеччини, самородного миш’яку (Японія, Румунія); пірити із різних родовищ Румунії, галеніти із Чехії, цинкова обманка з Німеччини, США, Іспанії, аметисти з Австрії, моріони із Швейцарії, геліотропи з Бразилії, гіпсові троянди з Сицилії тощо.